Bogearraí Foinse Oscailte Riachtanach don Eolaíocht

Tacú le Fondúireachtaí Ríomhaireachtúla na Bitheolaíochta

Is príomh-chomhábhar den eolaíocht nua-aimseartha é bogearraí foinse oscailte. Is uirlisí riachtanacha iad na céadta pacáistí bogearraí, leabharlanna agus feidhmchláir. Cibé an bhfuil sé ag cuardach seicheamh géanóm do ghéine galair, ag comhaireamh cealla in íomhá micreascóp, nó ag rianú éabhlóid ráige Ebola, tá bogearraí ríthábhachtach don obair a dhéanann eolaithe gach lá - agus tógann taighdeoirí a dhéanann a gcuid ama go deonach cuid mhaith de. agus iarracht a gcuid uirlisí a chur ar fáil agus inúsáidte ag daoine eile. In ainneoin a thábhachtaí is atá sé, déantar luacháil ar fhormhór na mbogearraí foinse oscailte agus níl maoiniú ar fáil dóibh le haghaidh cothabhála, fáis, forbartha agus rannpháirtíochta pobail - go háirithe tar éis na céime tosaigh.

Tosaíonn go leor uirlisí criticiúla le maoiniú an rialtais. Ó 1995 go 2016, mar shampla, bhronn an Foras Náisiúnta Eolaíochta breis agus 18,000 dámhachtain ar thionscadail a thagraíonn do “bhogearraí” ina n-achoimrí, as $ 9.6 billiún san iomlán. Is gnách go ndíríonn maoiniú den sórt sin ar bhogearraí ag céim luath, nuair a bhíonn sé nasctha le taighde eolaíoch nua. Is minic go mbíonn easpa infheistíochta cúpla bliain i bhforbairtí ar thionscadail, rud atá ceart go paradóideach nuair a thosaíonn siad á n-úsáid go forleathan. Mar a thug taighdeoirí atá ag déanamh staidéir ar an éiceachóras seo faoi deara, “is minic a ídítear maoiniú bunaithe ar dheontas go gairid tar éis bogearraí nua a scaoileadh, agus gan tacaíocht, bíonn sé deacair streachailt a dhéanamh go hinmheánach ar na bogearraí agus na córais a bhfuil sé ag brath orthu."

Táimid tar éis teacht ar na dinimic chéanna sna pobail eolaíochta lena n-oibrímid. Thacaigh CZI Science go príomha le taighde bithleighis a bhaineann go sonrach le fearann, agus i roinnt mhaith de na fearainn sin, tá forbróirí bogearraí foinse oscailte maoinithe againn. Mar shampla, tríd an tionscadal domhanda Atlas Cealla Daonna, chomhoibríomar agus thugamar deontais do shaotharlanna a thógann uirlisí ríomha mar Seurat, Scanpy, agus Bioconductor - a bhfuil ról ríthábhachtach ag gach ceann acu i réimse na hanailíse trascríofa aonchealla atá ag dul chun cinn go tapa. .

Píblíne comhaireamh speckle i CellProfiler a thaispeánann conas rudaí níos lú a aithint laistigh de núicléis. Grianghraf le caoinchead CellProfiler.

Tríd ár gclár Comhaltaí Bogearraí Íomháithe, thacaíomar le trí thionscadal bogearraí foinse oscailte - scikit-image, FIJI / ImageJ, agus CellProfiler - a bhfuil na mílte úsáideoirí agus luanna acu le chéile agus atá ríthábhachtach d’anailís agus léirshamhlú sonraí micreascópachta. I roinnt cásanna, is é seo an chéad uair a fuair na grúpaí seo maoiniú tiomnaithe d’fhorbairt bogearraí.

Dhaingnigh ár gcomhráite leis an bpobal bithleighis níos leithne - lena n-áirítear iad siúd lasmuigh de réimsí na bitheolaíochta cealla agus na micreascópachta - go bhfuil go leor tionscadal sa staid chéanna. Braitheann na bogearraí foinse oscailte a mbímid ag obair orthu ag CZI go criticiúil freisin ar go leor de na huirlisí agus na leabharlanna céanna, cibé acu le haghaidh anailíse íomhá aonchealla (starfish), léirshamhlú aonchealla (cellxgene), micreascópacht (napari), nó galar tógálach (IDseq ).

Spreag na heispéiris seo muid chun clár nua a dhearadh chun tacú le bogearraí foinse oscailte atá riachtanach do thaighde eolaíoch nua-aimseartha. Féadfaidh tú na sonraí go léir san iarratas ar iarratais a léamh.

Leanamar dhá threoirphrionsabal chun an deis seo a chruthú:

  • Ar dtús, níor theastaigh uainn maoiniú a theorannú d’fhorbairt bogearraí íon. Tá níos mó i gceist le foinse oscailte ná cód a scríobh. Cuimsíonn sé feabhas a chur ar dhoiciméadú, aghaidh a thabhairt ar inúsáidteacht, bainistíocht an tionscadail, agus pobail a thógáil. Ba mhaith linn deiseanna a sholáthar i cibé foirm a chabhróidh le bunús ríomhaireachtúil an taighde bhitheolaíoch a dhéanamh níos inúsáidte agus níos láidre.
Tá níos mó i gceist le foinse oscailte ná cód a scríobh. Cuimsíonn sé feabhas a chur ar dhoiciméadú, aghaidh a thabhairt ar inúsáidteacht, bainistíocht an tionscadail, agus pobail a thógáil.
  • Ar an dara dul síos, theastaigh uainn a bheith uilechuimsitheach maidir le scóip an rud a áirítear mar bhogearraí riachtanacha le haghaidh taighde bithleighis a shainiú. Ní gá go mbeadh an obair atá beartaithe ceangailte le taighde nua. Ina theannta sin, beidh bogearraí fearann-shonracha agus uirlisí bunaidh agus bonneagar a úsáidtear thar roinnt réimsí eolaíochta incháilithe a chur i bhfeidhm, fad is a bheidh tionchar éigin acu ar eolaíocht bhithleighis. Is féidir le huirlisí bunaidh den sórt sin raon ó struchtúir sonraí go leabharlanna ríomha uimhriúla go trealamh uirlisí chun sreabhadh oibre a dhéanamh agus in-atáirgtheacht. Tá ról ríthábhachtach ag na huirlisí seo, go minic ag brath mar spleáchais ar uirlisí níos sainiúla don fhearann.

Is í an iarraidh seo ar iarratais an chéad cheann de shraith. Iarrfaidh CZI iarratais le linn trí thimthriall ar leith, agus tosóidh babhtaí i mí an Mheithimh 2019, Nollaig 2019, agus Meitheamh 2020. Féadfaidh tú clárú dár liosta seoltaí chun nuashonruithe a fháil. Táimid ag pleanáil trí thimthriall le foghlaim agus, i bpáirt, aghaidh a thabhairt ar theorainneacha na ndeiseanna maoinithe aonuaire, agus beimid ag roinnt ceachtanna a foghlaimíodh sa phróiseas.

Cé go bhfuilimid ar bís bunsraitheanna bogearraí foinse oscailte san eolaíocht a neartú, nílimid ag súil go maoineoidh an clár seo na nithe seo a leanas:

  • Uirlisí bogearraí a fhreastalaíonn go príomha ar fearainn lasmuigh d’eolaíocht bhithleighis;
  • Fréamhshamhlacha luathchéime, mar creidimid go dtacaíonn na meicníochtaí maoinithe atá ann cheana níos fearr leis na hiarrachtaí seo; nó
  • Bonneagar léannta chun lámhscríbhinní, sonraí, nó meiteashonraí a bhailiú agus a roinnt, toisc go bhfuil CZI ag neartú na réimsí seo trí mheicníochtaí éagsúla.

Tá an glao seo oscailte d’iarratasóirí incháilithe ó gach cearn den domhan, agus níl sé teoranta d’fhorbairt bogearraí i gcomhthéacsanna acadúla, ionas gur féidir linn tacú le daoine i róil éagsúla agus ar bhealaí gairme éagsúla.

Osclaítear iarratais 18 Meitheamh, 2019 ag 9 am Pacific Time. Cuidigh linn an focal a scaipeadh! Le haghaidh tuilleadh faisnéise, lena n-áirítear spriocdhátaí agus treoracha iarratais, tabhair cuairt ar shuíomh Gréasáin CZI. Le haghaidh fiosrúcháin riaracháin agus cláir, cúnamh teicniúil, nó ceisteanna eile a bhaineann leis an RFA seo, déan teagmháil le do thoil le [email protected]

Is é an dóchas atá againn leis an gclár seo maoiniú a bhfuil géarghá leis a sholáthar chun bearnaí criticiúla san éiceachóras reatha a líonadh, infheictheacht a ardú maidir le cé chomh criticiúil agus atá na tionscadail bhogearraí seo don eolaíocht, agus dóthain seasmhachta a sholáthar dóibh chun teagmháil níos fearr a dhéanamh lena n-úsáideoirí agus a rannpháirtithe. Trí na huirlisí seo a fheabhsú agus na pobail atá taobh thiar díobh a neartú, tá súil againn dlús a chur leis an ráta fionnachtana sa bhitheolaíocht, agus daoine eile a spreagadh chun a bheith linn chun an príomh-chomhábhar seo den eolaíocht nua-aimseartha a chothú.

Ba mhaith linn buíochas a ghabháil le gach duine a chuidigh linn an clár seo a fhorbairt as a gcomhairle agus a léargas, agus táimid ag tnúth le leanúint ar aghaidh ag obair leis an bpobal foinse oscailte. Buíochas speisialta le:

  • Titus Brown, @ctitusbrown
  • Martin Fenner, @mfenner
  • Josh Greenberg, @epistemographer
  • James Howison, @jameshowison
  • Daniel S. Katz, @danielskatz
  • Chris Mentzel, @chrismentzel
  • Jason Priem, @jasonpriem
  • Ram Karthik, @_inundata
  • Danielle Robinson, @daniellecrobins
  • Matthew Rocklin, @mrocklin
  • Leah Silen, @leahsilen
  • Tracy Teal, @tracykteal
  • Andy Terrel, @aterrel
  • Nelle Varoquaux, @nvaroqua
  • Luis Villa, @luis_in_brief

Chun níos mó a fhoghlaim faoinár gcuid oibre, tabhair cuairt ar ár suíomh Gréasáin nó lean sinn ar Twitter.

Dario Taraborelli, Oifigeach Cláir Eolaíochta, Eolaíocht Oscailte

Is taighdeoir ríomhaireachta sóisialta é Dario agus abhcóide eolais oscailte. Mar Oifigeach an Chláir Eolaíochta um Eolaíocht Oscailte ag CZI, is é an aidhm atá aige cláir agus teicneolaíocht a thógáil chun tacú le taighde oscailte, inatáirgthe agus inrochtana. Sula ndeachaigh sé le CZI, bhí sé ina Stiúrthóir, ina Cheann Taighde ar Fhondúireacht Wikimedia, an tionscadal neamhbhrabúis a oibríonn Wikipedia agus a chomhthionscadail. Mar chomhúdar ar an Manifesto Altmetrics, comhbhunaitheoir an Tionscnaimh um Citations Oscailte, agus abhcóide rochtana oscailte le fada an lá, tá córais agus cláir á ndearadh aige chun dlús a chur le hinfhaighteacht agus athúsáid an eolais eolaíoch ag scoláirí, beartas. déantóirí, agus an pobal i gcoitinne araon.

Jeremy Freeman, Stiúrthóir, Bitheolaíocht Ríomhaireachtúil

Is eolaí é Jeremy ag a dtrasnaíonn an bhitheolaíocht agus an teicneolaíocht. Tá sé ag iarraidh tuiscint a fháil ar an gcaoi a n-oibríonn córais bhitheolaíocha, agus an tuiscint sin a úsáid chun leasa shláinte an duine agus dearadh na gcóras cliste. Rinne sé staidéar ar fhís ríomhaireachtúil i scoil grad ag NYU, threoraigh sé saotharlann taighde néareolaíochta ar Champas Taighde Janelia HHMI, agus faoi láthair tá sé ag obair i gceannas ar CZI ag a dtrasnaíonn an ríomh agus an bhitheolaíocht. Tá sé paiseanta faoin eolaíocht foinse oscailte agus oscailte, agus eolaithe agus innealtóirí a thabhairt le chéile thar raon réimsí.

Nicholas Sofroniew, Bitheolaí Ríomhaireachtúil

Is bitheolaí ríomhaireachtúil é Nicholas ag CZI, ag cabhrú le huirlisí a fhorbairt, a thacú agus a scaipeadh a chuirfidh dlús leis an eolaíocht. Rinne sé staidéar ar mhatamaitic in Ollscoil Cambridge, agus ina dhiaidh sin PhD agus Iar-Doc ar Champas Taighde Janelia HHMI ag obair i néareolaíocht na gcóras, micreascópacht, agus anailís íomhá. Ag CZI, díríonn sé ar thionscadail i neodrúghiniúint, íomháú agus eolaíocht oscailte.